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合成生物学:前世今生/核心策略/关键技术和应用优势

2023-07-17 14:37:08  文心发布    来源:BiG专栏 BiG生物创新社


合成生物学(synthetic biology)是一门汇集生物学、基因组学、工程学和信息学等多种学科的交叉学科,其实现的技术路径是运用系统生物学和工程学原理,以基因组和生化分子合成为基础,综合生物化学、生物物理和生物信息等技术,旨在设计、改造、重建生物分子、生物元件和生物分化过程,以构建具有生命活性的生物元件、系统以及人造细胞或生物体。合成生物学(Synthetic Biology)是一门结合了生命科学观察分析方法和工程学设计思维的学科,使人类通过工程方法设计、改造甚至从头合成有特定功能的生物系统。


通俗来讲,合成生物学就像奶牛产奶的过程:奶牛吃进低价值的草,而产出的却是高价值的牛奶。在合成生物学中,底盘细胞相当于奶牛,各种原料相当于低价值的草料。通过基因技术编辑过的底盘细胞,添加低廉原料后经过发酵等一系列工艺产生的高价值的化学或生物原料,就相当于生产的牛奶。高价值的牛奶最终帮助企业换取到金钱,合成生物学就完成了一整套“点石成金”的闭环过程。根据麦肯锡研究,生物制造的产品可以覆盖60%化学制造的产品,未来生物制造的方式有望对未来医药、化工、食品、能源、材料、农业等传统行业带来巨大影响。

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合成生物学的前世今生

1911年,“Synthetic biology”一词最早由法国物理化学家Stephane Leduc在其所著的《生命的机理》(The Mechanism of Life)一书中首次提出,在该书中其试图利用物理学理论解释生物起源和进化规律,认为“构成生物体的是其形态”,并归纳为“合成生物学是对形状和结构的合成”。


合成生物学的起源可以追溯到1961年弗朗索瓦·雅各布(Francois Jacob)和雅克·莫诺(Jacques Monod)的一篇里程碑式的出版物。他们对大肠杆菌中lac操纵子的研究的见解使他们假定存在调节性双基因表达。


随着20世纪70年代和80年代分子克隆和PCR的发展,基因操作在微生物学研究中变得广泛,为设计人工基因调控提供了技术手段。


到20世纪90年代中期,自动DNA测序和改进的计算工具使完整的微生物基因组得以测序,用于测量RNA,蛋白质,脂质和代谢物的高通量技术使科学家能够生成大量的细胞成分及其相互作用。这种分子生物学的“放大”产生了系统生物学领域,因为生物学家和计算机科学家开始将实验和计算结合起来,对细胞网络进行反向工程。

合成生物学真正被广泛关注始于21世纪初,一系列颠覆性成果在这个阶段陆续发布。

2000年,波士顿大学Collins团队受噬菌体λ开关和蓝藻昼夜节律振荡器的启发,设计合成了双稳态基因网络开关;普林斯顿大学Elowitz和Leibler基于负反馈调控原理设计了基因振荡网络。


2002年,纽约州立大学石溪市分校Wimmer团队通过化学合成病毒基因组获得了具有感染性的脊髓灰质炎病毒-人类历史上首个人工合成的生命体。


2010年,美国Venter团队宣布首个“人工合成基因组细胞”诞生.他的团队设计、合成和组装了1.08Mb的支原体基因组(JCVI-syn1.0),并将其移植到山羊支原体受体细胞中,产生了仅由合成染色体控制的新支原体细胞。


2013年,青蒿素的生物合成生产。


2014年,拓展遗传密码子入选Science年度十大科学突破。美国Scripps研究所Romesberg团队设计合成了一个非天然碱基配对:X和Y,并将它们整合到大肠杆菌基因组。理论上,遗传字母表从4个变成6个,密码子可以从64个扩充到216个,这意味着在控制条件下,未来的生命形式有无限种可能。


2016年,Nielsen等人发表了Cello,这是一个卓越的端到端计算机辅助设计系统,用于E.coli 中的逻辑构造。在过去十年中,这可能是合成生物学家最满意的,因为它通过标准化,表征和自动化设计实现了许多生物学工程功能。


2017年,基于CRlSPR的快速诊断。


2018年,具有逻辑控制的CAR-T细胞;具有合成融合染色体的酵母;自组织多细胞结构。


2019年,大肠杆菌基因组全合成;大肠杆菌基因组碳固定;大麻素的合成生产。


进入21世纪,合成生物学的发展可分为4个阶段:

1.创建时期(2000-2003年):产生了许多具备领域特征的研究手段和理论,特别是基因线路工程的建立及其在代谢工程中的成功运用;

2.扩张和发展期(2004-2007年):工程技术进步较缓慢,领域有扩大趋势;

3.快速创新和应用转化期(2008-2013年):这一阶段涌现出的新技术和工程手段使合成生物学研究与应用领域大为拓展;

4.发展新阶段(2014年后):工程化平台的建设和生物大数据的开源应用相结合,全面推动生物技术、生物产业和生物医药“民主化”发展。

 

  02  


合成生物学的核心策略与两大基础

2.1  核心策略:“设计-构建-测试-学习”


合成生物学的目的是设计符合标准的生物系统,基于工程设计原则利用工程可预测性控制复杂系统构建的“设计-构建-测试-学习”循环(DBTL)逐渐成为合成生物学的核心策略。在生物制造领域,DBLT循环四个阶段循环往复可以成功构建需要的细胞,生产出合适的产品。


设计:合成生物学DBTL策略的基础,在遵循一定的规则下利用现有的标准化生物元件对基因、代谢通路或基因组进行理性设计;相关技术:生物元件库、计算机辅助设计、代谢通路合成生物学从核心DBTL循环到以发酵为主的放大生产方式。

构建:在生物系统中对目标基因进行操作,构建细胞工厂,该过程包括DNA合成,大片段组装以及基因编辑;相关技术:DNA合成、DNA拼接和组装、基因编辑、基因测序。

测试:由于逻辑线路及模块化的代谢途径在通过理性或非理性设计后,都会存在大量的突变体或候选目标,因此通常需要高效、准确和经济的检测,生成相应数据,评估构建的细胞工厂的实用性;相关技术:微流控技术、酶活性测定、无细胞系统。

学习:利用测试数据,学习并随机搜索更有效地推进循环实现预期目标的原则,为下一个循环改进设计提供指导;相关技术:数据收集、数据分析、机器学习、建模。

2.2  两大基础:底盘细胞、发酵工程


底盘细胞:底盘细胞是合成生物学的“硬件”基础,其中常用的模式微生物有酿酒酵母、大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、谷氨酸棒杆菌等。不同的模式微生物具有特定的优缺点,因此被应用于不同产物的生产。相关技术:菌株改造、菌株选择。

发酵工程:根据生产流程可分为上游、中游和下游三部分,上游工程主要为菌种的选育和改造,以获得生产性能良好的菌株;中游则为发酵过程控制,通过对发酵过程中各种参数的采集、分析和反馈,以达到生产最佳发酵条件;下游则是对产品的分离和纯化,采用多种技术将发酵产品从发酵液或者细胞中分离、纯化出来,在达到特定标准后制成产品。


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